W urzędach stanu cywilnego rejestrowane są także małżeństwa podlegające prawu wewnętrznemu danego Kościoła lub związku wyznaniowego zawarte w obecności duchownego. Małżeństwo zawarte przed duchownym pociąga za sobą takie same skutki cywilnoprawne jak małżeństwo zawarte przed kierownikiem urzędu stanu cywilnego (USC).
Odsetek małżeństw wyznaniowych ze skutkami cywilnymi (w opracowaniu zostały uwzględnione wszystkie małżeństwa, w których jedna ze stron – mężczyzna lub kobieta – miała stałe zameldowanie w Polsce) wśród wszystkich zawartych małżeństw w przeciągu 20 lat funkcjonowania ustawy kształtuje się na poziomie około 60–70%.
Najwyższy odsetek (73,4%) odnotowano w trzecim i czwartym roku działania ustawy (2001 r. i 2002 r.). Po roku 2004 widoczny jest powolny, ale nieustanny spadek odsetka małżeństw wyznaniowych wśród wszystkich zawieranych małżeństw. W 2006 r. odsetek ten osiąga wartość poniżej 70%, a w 2018 r. wynosi już niecałe 62%.
Zdecydowanie najwięcej małżeństw wyznaniowych ze skutkami cywilnymi (tzw. małżeństw konkordatowych) zawierana jest w Kościele katolickim (przeszło 99%), jednak systematycznie ich liczba spada. W 1999 r. zarejestrowano ich 149 tys. 842, w szczytowym momencie ostatniego dwudziestolecia najwięcej było w 2008 r. (177 tys. 59), podczas gdy w roku 2018 liczba zawartych konkordatowych związków małżeńskich wyniosła 117 tys. 934.
Odsetek małżeństw zawieranych na mocy ustawy z dnia 24 lipca 1998 r. przez inne Kościoły i Związek wyznaniowy przez ostatnie 20 lat nie przekraczał 1%. Choć zawieranych tam małżeństw wyznaniowych jest znacznie mniej niż w Kościele katolickim, tendencja spadkowa raczej nie wystąpiła.
W Kościele prawosławnym w 1999 r. zawarto takich małżeństw 358, najwięcej w 2009 r. – 666, a w 2018 – 508. W Kościele ewangelicko-augsburskim (luterańskim) w 1999 – 237, w szczytowym okresie (2008-2009) – 333, a w 2018 – 256.
Jednak i w mniejszych wspólnotach, jak Kościół ewangelicko-metodystyczny, baptystyczny czy zielonoświątkowy (od kilku, przez kilkadziesiąt do maksymalnie stu kilkudziesięciu małżeństw) w ostatnim 20-leciu nie było spadku zawieranych związków, a wręcz stabilizację tendencji z początku obowiązywania ustawy.
W ostatnim okresie (od 2015 r.) zaobserwować można natomiast duży wzrost liczby ślubów udzielanych w Związku Gmin Wyznaniowych Żydowskich (np. w 2016 – 58, a w 2017 – 47). Średnia liczba udzielonych ślubów w latach 1999–2014 wynosiła niespełna 1, a w okresie 2015–2018 – 43.